Hitit Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü 2547 sayılı Yüksek Öğretim Kanununun 19. maddesine göre 06.11.2008 tarihinde açılmıştır. Şu anda Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı, Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı ve Biyoloji Ana Bilim Dalı mevcuttur. Bu dallarda 2008-2009 bahar yarıyılında Yüksek Lisans Programlarına öğrenci alınması planlanmaktadır.

Gerekli Hazırlıklar ve altyapı oluşturma çalışmaları tamamlanarak önümüzdeki dönemlerde Kimya ve Fizik Ana Bilim Dallarında yüksek lisans programlarının açılması mevcut Ana Bilim Dallarında doktora eğitiminin başlatılması planlanmaktadır. Fen Bilimleri Enstitüsü olarak amacımız:

• Son yıllarda sayıları gittikçe artan üniversite sayısına paralel olarak artan öğretim elemanı ihtiyacına katkıda bulunmak için Fen ve Mühedislik alanında nitelikli, bilimsel ve teknolojik alt yapıya sahip elemanlar yetiştirmek.
• Sanayinin ihtiyaç duyduğu araştırma ve geliştirme çalışmalarını yapabilen, ileri teknolojiyi takip edebilen ve uygulayabilen yüksek lisans ve doktora derecesine sahip teknik elemanlar yetiştirmektir.